1999年的科研院所改制，在身份从事业单位置换为企业的同时，也带来了院所观念、思路、经营方式等方面的彻底转变，机械科学研究院也不例外。
　　那么，被机械科学研究院院长李新亚称为“不是很典型”的机械科学研究院现状怎样呢？
　　目前生存状况不错
　　到目前为止，机械科学研究院拥有8个直属研究、设计单位与1个控股公司，是189家由国资委监管的中央直属大型企业之一。
　　据了解，机械科学研究院科研成果的应用已经覆盖了机械制造、航空航天、交通运输、信息产业、环境和能源等众多领域，产品销往世界各地。一些高、精、尖的产品应用到了“神舟”五号载人飞船、三峡工程等国家重点工程。比如，郑州机械研究所为“神舟”五号飞船着陆实验研制的飞船回收试验塔；沈阳铸造研究所研制的宇航员座椅支架、分离密封板、通气阀壳体以及摄像系统结构钛合金铸件等设备。
　　李新亚认为，这几年来机械科学研究院有比较好的生存状况主要有以下几个原因：
　　首先，对于一个靠研发、成果转化安身立命的科研院所来说，最重要的就是人力资源。目前，全院在职职工总数4167人，其中专业技术人员2963人，占到职工总数的71.1%；正高级职称354人，副高级职称898人；全院共有4位院士，中青年科学技术专家20人，享受政府特殊津贴专家达到了262人。
　　第二，国家给了5年的税收优惠政策。
　　第三，近两年经济大环境积极向好，国家实行积极的财政政策，第二产业尤其是装备制造业普遍较热，都为机械科学研究院赢得更多的科研经营合同创造了良好的外部条件。
　　兼顾研发、产业、服务
　　从2003年的情况来看，机械科学研究院目前的业务主要是科学研究、成果转化和技术服务三个部分。
　　科学研究的重点是装备制造业基础、共性和关键技术的应用研究，项目的来源主要是政府投入。据李新亚介绍，这一块投入比较大，除了政府对一些重大项目的投入外，机械科学研究院还设立自己的院、所科技开发基金，但没有给机械科学研究院带来较好的利润。另外，最主要的投入还体现在人力上，目前有20%～30%的人员集中在研发上，而从经营额看，这一块只占到总额的7%。
　　成果转化产业是机械科学研究院目前主要的经济来源，主要分为两类：一是产品的加工，主要是一些技术含量较高的铸件、焊材、齿轮、涂料等；二是系统集成产品，利用综合的技术开发能力，为装备制造业提供集成度较高的产品以及生产线。
　　在技术服务方面，主要包括标准、质量检验、认证、工程设计监理、出版专业刊物等。技术服务的发达程度是一个国家工业化水平的象征，也是科研院所这些高智力企业的长项。近年来，机械科学研究院在这方面发展速度比较快，但投入与产出依然存在矛盾。
　　1999年，科研院所变为企业的首要问题是生存，但现实情况是科研开发需大量投入，检测、认证、标准化等带有一定公益性的行业服务性业务投入产出不成正比。“对于科研院所来说，这些又是优势与特色所在。如果不加强研发，科研院所将在未来的市场竞争中失去优势。”李新亚认为，这不只是机械科学研究院面临的问题，而是所有科研院所都面临的共性问题。
　　科研能力弱化
　　机械科学研究院书记尤一平说：“1999年转企改制之后，我们重点考虑的是自身生存与发展。科研院所改革之前所有的人都在搞研发，现在机制变了，思路也必然不同。由于机械科学研究院面临的首要问题是生存，所以研发力量必然要缩减。院所所能做的只能是提高内部效率，加强对自身经济利益关系密切的研发项目的投入。”
　　据尤一平介绍，对于一些需要从产业发展的角度考虑的研发项目来说，除非政府投入，院所没有能力、也没有更多的力量进行项目开发。虽然机械科学研究院在科研方面投入了相当大的人力和财力，从政府那里拿到的科研项目也不少，但科研能力的弱化、科研质量的降低也是不争的事实。
　　“目前来看，机械科学研究院生存得还不错，技术水平在行业内还处于领先的位置，但如果这样的状况再持续五年、十年，就很难说了。”尤一平不无忧虑地指出。
　　另外，据尤一平介绍，机械科学研究院还有一个最为迫切的问题需要解决，那就是产品的规模化、市场化问题。目前，机械科学研究院的产品以小批量、定向订制的产品为主，而且相当多地集中在军工、航天或国家的一些重大项目上，而这些项目有不确定性。机械科学研究院要想做强做大，在竞争激烈的市场中立足，还要靠具有大规模、大产业潜力的产品。尤一平说：“解决这一问题，是靠院所自身由小做大，还是靠院所与企业集团的结合，目前来看还很难拿出一个成熟的模式来。”
　　“提升装备水平，振兴制造业。”在机械科学研究院大楼一层大厅里最显眼的位置挂着这样一块牌子。如果说倒退到40多年前机械科学研究院成立之时，把这11个字作为机械科学研究院的使命还比较恰当的话，那么在转企改制已经5年的今天，这11个字很难再成为机械科学研究院身为一个企业的使命。如何提升装备水平、如何振兴制造业，已不仅仅是一个科研院所能回答的问题。